Todo el edificio del conocimiento de Descartes está basado en la existencia de Dios, así que si éste no existe todo el edificio se vienen abajo. Descartes, cree que se necesita un método basado en verdades para llegar al verdadero conocimiento, y Dios sería la base de este método.

El punto de partida es la razón o buen sentido que todos los hombres tienen en común, pero cada uno toma camino diferentes sin considerar las mismas cosas, así que ésta sería la única forma de engañarnos, porque Dios no quiere que nos engañemos pero nos equivocamos al interpretar equivocadamente.

Los modos de conocer la razón admitido por Descartes son la intuición, una especie de “luz natural” por la cual sin duda ni error se captan las ideas verdaderas, y la deducción, que es la sucesión ordenada de evidencias alcanzando las ideas claras.

El método de Descartes es el resultado de la aplicación del Método matemático a la filosofía. Este método está formado por cuatro preceptos. El primero, es la evidencia, hay que evitar la precipitación y la prevención, no aceptando como evidente lo confuso ni aceptar como verdadero lo que es claro. Formula el criterio de verdad entre claridad (conocimiento limpio de la mente) y distinción (que no tiene nada en común con las demás cosas). Para llegar a este primer precepto, es necesaria la duda metódica, puesto que para conseguir algo verdadero debemos comenzar dudando y necesitamos basarnos en una verdad para construir el edificio del conocimiento.

Esta primera verdad es el “cogito ergo sum”, una verdad conocida por intuición y posee dos características esenciales de toda la verdad: la claridad y la distinción. Tres son los motivos de duda: duda de sobre la fiabilidad de los sentidos, la hipótesis del sueño, imposibilidad de distinguir entre el sueño y vigilia, y la hipótesis del genio maligno.

El según precepto es el análisis minucioso de los problemas hasta reducirlos a ideas claras. El tercero es la síntesis, sucesión de ideas claras y distintas para llegar al conocimiento, deducción. Y, por último, la enumeración tanto del análisis como de la síntesis.

La pretensión final de estas enumeraciones es extender la evidencia de la intuición a la deducción.

Pero para este método no servirá sino explica la existencia de Dios, porque puede ser que entonces exista un genio maligno que disfrute viendo como yo me engaño, y para demostrar su existencia se basa en tres argumentos.

El primero es el argumento de la causalidad aplicada a la idea de infinito: Dios, esto quiere decir que la idea de ser infinito debe ser inculcada por un ser infinito, puesto que los hombres somos finitos y no podemos tener esa idea si no es puesta en nosotros por alguien infinito.

El segundo es el argumento de Dios como causa de mi ser, si en mi mente existe la idea de perfección es porque un ser perfecto la ha puesto en mí y éste solo puede ser Dios. El tercer argumento es el ontológico, utilizado por primera por San Anselmo, en el que se basa en la idea de Dios para probar su existencia, así que si todos tienen una idea de Dios, como el más grande, es imposible hacernos una idea de otro mayor, Dios no solo puede existir en mi pensamiento sino en la realidad.

Llegada a la evidencia, mencionada más arriba “cogito ergo sum”, yo como ser pensante tengo ideas. Por lo que Descartes hace una distinción entre tres tipos de ideas, las adventicias que no proceden del propio pensamiento sino de los sentidos. Las facticias, que son creadas por la imaginación, y, por ultimo las innatas, que las posee el propio pensamiento por sí mismo.

Así, la idea de Dios es una idea innata y con la idea de Dios pretende demostrar la existencia del mundo y de las ciencias materiales. Si Dios existe es infinitivamente bueno y veraz, por lo tanto, no querrá que me engañe al creer que el mundo existe, así que el mundo existe.

Una vez Descartes ha descubierto tres ámbitos de la realidad: Dios, yo o cosa pensante y cosas materiales. Utiliza el término sustancia para referirse a éstos. Entendiéndose por sustancia como aquella cosa que existe de tal manera que no necesita de ninguna otra cosa para poder existir, es decir, que existe por sí misma. De esta forma sólo Dios es una sustancia pero este término también lo emplea en los que percibimos con claridad y distinción, y sólo necesitan a dios para existir, esos seres son: yo o alma y los cuerpos materiales. Así Dios sería sustancia infinita, el yo sustancia pensante y las cosas materiales sustancia extensa.

Para Descartes Dios es el principio de la existencia, sin Dios no existiríamos, pero ¿Cómo sabemos que existe Dios? Pues su existencia viene demostrada en nosotros, ya que Él nos lo ha dado todo lo que somos y si tenemos dudas de su existencia es porque no somos ni infinitos ni perfectos y todo lo real y verdadero no proviene de Él, ya que él es infinito y perfecto.