En el siglo XVII el principal problema fue el conocimiento. Se tendrán diversas cuestiones a las cuales darles una respuesta.

En esta época dos escuelas permanecerán enfrentadas, el racionalismo y el empirismo. El racionalismo defiende que con la razón alcanzamos la verdad, y que por medio de las matemáticas, se llega al conocimiento, estableciendo como ideal de conocimiento el sistema deductivo, lo que quiere decir que a partir de unos principios se puede llegar a deducir el resto de verdades. Por otra parte el empirismo, defiende que el conocimiento procede de los sentidos, rechazando la existencia de las ideas innatas y utilizando el método inductivo a partir de las experiencias  extrae conclusiones, tomando como modelo experimental la física.

Descartes, en el terreno del conocimiento, se enfrenta al escepticismo. Trata de construir un sistema de conocimientos empezando por la renovación de la filosofía, ya que según él ésta es la base de las ciencias y si ésta es dudosa las ciencias también lo serán. Por lo tanto, no estando contento con los conocimientos recibidos en el colegio de La Fleché, puesto que estos podrían ser dudosos, decide dedicarse a viajar.

Para Descartes la primera condición es encontrar un método que no sea erróneo. El punto de partida es la razón o buen sentido que todos los hombres tienen igual, pero cada uno toma caminos diferentes sin considerar las mismas cosas. Aunque no es suficiente tener buen sentido, sino aplicarlo bien, necesitando otros modos de conocer la razón y la necesidad de un método.

Dos son los modos de conocer la razón: la intuición, una especie de “luz natural” por la cual sin duda ni error se captan las ideas verdaderas, y la deducción, que es la sucesión ordenada de evidencias alcanzando las ideas claras.

Descartes cree que los geómetras poseen propiedades para avanzar en el conocimiento de la filosofía, destacando tres puntos: el primero es el método de geometría que desarrolla una cadena de ideas claras que serán descubiertas por la intuición y trabadas en largas cadenas deductivas. El segundo consiste en no aceptar como verdadero nada de lo que no se tenga absoluta certeza, y el tercero es respetar el orden de la deducción.

Así, Descartes presenta su método, el cual es resultado de la aplicación del método matemático a la filosofía.

Descartes formula cuatro preceptos que se aplicaran a la filosofía. El primero es la evidencia, hay que evitar la precipitación y la prevención, no aceptando como evidente lo confuso ni aceptar como verdadero lo que es claro. Así pues, formula el criterio de verdad entre claridad (conocimiento limpio de la mente) y distinción (que no tiene nada en común con las demás cosas). El segundo es el análisis minucioso de los problemas hasta reducirlos a ideas claras. El tercero la síntesis, sucesión de ideas claras y distintas para llegar al conocimiento, deducción; por último, la enumeración, tanto del análisis como de la síntesis. La pretensión final de estas enumeraciones es extender la evidencia de la intuición a la deducción.

Para llegar a la primera parte del método (evidencia) es necesario descartar todo aquello que no se muestre de forma clara y distinta, y por ello sea motivo alguno de duda, comenzando así la duda metódica, puesto que para conseguir algo verdadero debemos comenzar dudando y necesitamos basarnos en una verdad para construir el edificio del conocimiento.

En primer lugar, Descartes dice que tenemos motivos sobrados para dudar de los datos de nuestros sentidos, puesto que estos nos engañan en ocasiones. En segundo lugar, duda de los sueños, puesto que durante el sueño vivimos en una realidad falsa que sin embargo creemos que es verdadera mientras dura; por último, descarta las verdades racionales las cuales son consideradas indudables, como las matemáticas, pero puede caber la posibilidad de que exista una “genio maligno” que haga que nos equivoquemos continuamente con nuestro propio entendimiento, por lo que se presenta como duda.

Finalmente, con todo ello, Descartes, ante este radical proceso de duda, le lleva a un callejón sin salida, situándonos en el punto del escepticismo, donde la verdad no existe y si existe el hombre es incapaz de conocerla, los sentidos nos engañan y son subjetivos. Con la afirmación del escepticismo, afirma la imposibilidad de alcanzar el conocimiento verdadero, porque la razón es tan débil que se encuentra imposibilitada.

A partir de aquí Descartes, buscará una solución para salir de ese estancamiento, de ese callejón sin salida del escepticismo, presentándose la formula “cogito ergo sum” (pienso luego existo) puesto que puedo dudar de todo, menos de mi existencia.

Una vez establecido este principio indudable, la cuestión es cómo recuperar la confianza en las certezas sobre el propio cuerpo y sobre el mundo externo a partir de él. Para ello, se debe explicar la teoría de las sustancias y los tipos de ideas en la filosofía cartesiana.